论文在引用参考文献时，首先要在文中引用的部分(可以是词语、句子、方法等)进行标记，标记的方式有:
①数字上标，如：...1(注:省略号表示引文，下同)。使用该形式时，引用句子时，标记应该在句号(或逗号)后，引用词语时，若词语后有引号、逗号，也应放在逗号、引号之后，如：...such as“term A”，1 “term B”，2 and “term C”3.该标记与英文之间通常没有空格，引用多篇文献使用逗号时，逗号后没有空格，如：...1，2
②括号加斜体数字，如：...(1)。注意左括号和引文之间有空格，引用句子时，该标记应在句号(或逗号)前，引用多篇文献使用逗号时，逗号后面有空格，如：...(1，2)。另外，英文论文中较少用方括号标注参考文献。
③括号加作者、年份，引用同一作者发表在同一年份的多篇文献时，可在年份后加字母a、b、c等进行区分，作者数为2人或1人的，须将作者的姓全部列出，两个作者名之间以and连接，如作者数为3人或以上的，只需列出第一作者，其余作者用“et al.”省略，如：... (Chen et al.，2023)、... (Zhou and Li，2024)。注意左括号和引文之间有空格，引用句子时，该标记应在句号(或逗号)前。
论文的语句中有时需要直接出现作者的名字，此时，作者名字的写法同上述③中的方式，并且引用标记应直接标于作者的名字之后，对于第三种标记方式，只需标出年份即可，如:
①...described by A et al.，...
②According to B(2),..
③C and D (2024) reported...
使用①、②两种方式的文章中，如需对具体的参考文献进行讨论，可用如“refs l and 2”的形式，其中参考文献标记不用上标、括号或斜体。
另外，若参考文献标记在表格中作为单独一列出现，即表格中有单独的参考文献列，使用①、②两种方式的文章可直接标记参考文献编号，不需要上标、括号、斜体，引用多篇文献使用逗号时，逗号后面有空格;使用第③种方式的，与其在正文中的形式一样，且引用多篇参考文献时，使用同一组括号。如果标记出现在表格中，但只出现在某一单元格里，则与其出现在正文中的格式一致。
除了上述三种典型的标记方式外，部分期刊可能还有特殊的规定，如某些期刊只用一个标记表示多篇文献，并在参考文献列表中以(a)、(b)、(c)等序号区分。作者在投稿前应该仔细查阅作者指南，注意事项同上述几种情况，包括引用标记与引文之间是否有空格，引用标记在句号(或逗号)前或后等，作者须严格按照目标期刊的要求并保持全文统一。
